تشخیص اگزون های ژن ها

  • توالی یابی کل اگزوم

اگزوم تمام اگزون های کدکننده شناخته شده ژنوم انسانی را شامل می شود. در انسان این مناطق شامل 23000 ژن با حدود 50 میلیون باز است. با روش توالی یابی کل اگزوم (WES)، تمام اگزون ها (نواحی کدکننده پروتئین) آنالیز می شوند. بدین گونه تست ژنتیکی بر آنالیز 1-2 درصد ژنوم انسان که شامل 85 درصد جهش های بیماری زا می باشد، متمرکز شده است.

از آنجایی که توالی­یابی کل ژنوم هزینه بالایی دارد، بررسی اگزون­ها به عنوان نواحی کدکننده پروتئین برای بررسی عناصر ژنتیکی تاثیرگذار در بیماری­ها و بروز فنوتیپ­های مختلف مقرون به صرفه­تر می­باشد. توالي­یابي كل اگزون­هاي ژنوم در تشخيص­هاي باليني بسيار ارزشمند است و ديدي جامع از آرايش ژنتيكي يك بيماري ارائه می­دهد. یکی از مزیت­های این روش بررسی تمام جهش­های موجود می­باشد که امکان شناسایی جهش­های نادر را نیز فراهم می­کند. همچنین آنالیز کل اگزوم زمانی که پنل خاصی برای آنالیز علایم بیماری در دسترس نیست، مفید است. براساس داده های اگزومی، لیستی از ژن های گردآوری شده می تواند بعنوان پنل ارزیابی شود.

تشخیص های اگزومی شامل توالی یابی اگزوم (نواحی کدکننده و اینترون های مجاور (+/-10bp) بررسی می شوند) بیمار (و شاید بستگان بیمار)، آنالیز داده های توالی یابی، و ارائه خلاصه ای از یافته ها در گزارش پزشکی جامع می باشد. آنالیز اگزوم بر پایه توالی یابی نسل جدید (NGS) می باشد، و برای تشخیص جهش ها در ژنی که موجب بیماری های ژنتیکی نادر است، بکار می رود. این تست روشی برای تشخیص دلایل بیماری در افرادی با بیماری پیچیده، علائم نامشخص و بیماری ناشناخته می باشد.

برای انجام تشخیص های اگزومی، بیمار (و شاید بستگانش) باید مورد مشاوره ژنتیکی قرار گیرند.

  • توالی یابی اگزومی سه تایی

علاوه بر تشخیص اگزومی منفرد که در آن فقط فرد بیمار به تنهایی مورد بررسی قرار می گیرد، تشخیص اگزومی سه تایی (Trio) به عنوان روش قدرتمندی برای شناسایی واریانت های موثر مطرح است. در این روش والدین بیمار نیز تست شده و آنالیز تفکیکی کل اگزوم انجام می شود. این عمل کمک می کند تا واریانت ها فیلتر شده و واریانت های غیربیماری زا حذف شوند. گزارشات افزایش معنی دار نرخ تشخیص را از 21 درصد برای تشخیص اگزومی فردی به 37 درصد برای تشخیص اگزومی سه تایی را نشان می دهند (Farwell, 2015). نرخ تشخیص بالا در بررسی های اگزومی سه تایی به دلیل امکان تشخیص و تفسیر بهتر ژن ها و واریانت های ناشناخته مرتبط با بیماری و تشخیص جهش های موثر که بطور de novo در شخص هستند، می باشد. تشخیص اگزومی سه تایی بطور خاصی موجب کاهش زمان و هزینه می شود چون تعداد واریانت هایی که باید ارزیابی شوند به حداقل می رسد و از آنالیزهای متعددی که در هنگام استفاده از توالی یابی سنگر برای یک ژن انجام می شود، جلوگیری می کند.

  • مواردي كه در آن توالي ­يابي اگزومي توصيه مي­شود عبارتند از:
  • فنوتيپ ­هاي هتروژن :حالتي كه در آن جهش در ژن­هاي متعدد به تظاهرات باليني يكسان منجر مي­شود، مانندعقب ماندگي ذهني، تاخيردررشد، كوتاهي قد، كارديوميوپاتي، ناشنوايي، اختلالات متابوليك، بدشكلي­هاي پيچيده، بيماري­هاي عضلاني، نابينايي ارثي، بيماري­هاي قلبي- عروقي و ...
  • فنوتيپ ­هاي كاملا نامشخص و يا مجموعه­اي از علائم كه تشخيص افتراقي را با مشكل مواجه مي­كند
  • ژن­هاي بزرگ نظير ژن ديستروفين

 

  • اجرای توالی یابی اگزومی توسط شرکت CeGaT آلمان

این مرکز نماینده انحصاری شرکت CeGaT آلمان در ایران می باشد. شرکت CeGaT یکی از شرکت­های معتبر جهانی است كه آنالیزهای تشخیص ژنتیکی بیماری­ها را انجام مي­دهد و از پیشگامان اجرای روش­های توالی­یابی نسل جدید بوده و اولین شرکت توسعه­دهنده پنل­های تشخیصی به حساب می­آید. این پنل­ها امکان بررسی تمام ژن­های مرتبط با یک گروه از بیماری­ها را فراهم می­کنند. از این رو CeGaT توانسته است دقت و سرعت تشخیص را بالا ببرد که به اجرای درمان­های هدفمند کمک کرده و باعث بهبود کیفیت درمان و کاهش هزینه­های آن شود.

 

  • مراحل انجام تست توالی یابی کل اگزوم در این مرکز:

معرفی بیمار: فرد مشکوک به بیماری و یا حتی با وجود علائمی از بیماری ناشناخته، توسط پزشک محترم به مرکز معرفی می­شود. نوشتن نام آزمایش و یا نام ژن عامل احتمالی بیماری ضروری نمی باشد. کافی است پزشک محترم تنها نام بیماری که به آن مشکوک هستند ذکر کنند.

انجام مشاوره و اخذ اطلاعات بالینی: فرد توسط مشاوران محترم مرکز مورد مشاوره قرار می گیرد. بدلیل اینکه واریانت های شناسایی شده با استفاده از آنالیزهای اگزومی بسیار زیادند و برای سرعت و تمرکز بیشتر در تفسیر نتایج،  علایم بیمار با دقت بالا و جزئیات دقیق ثبت می شود.

ترسیم شجره نامه: شجره­نامه جهت درک سابقه بیماری ترسیم می­شود.

نمونه برداری: از بیماران عمدتا نمونه خون اخذ می شود ولی در این مرکز امکان مطالعه نمونه های بافتی و جنینی و دیگر نمونه ها نیز وجود دارد.

استخراج و ارزیابی DNA: DNA از نمونه های مختلف براساس پروتوکل های مرکز توسط کارشناسان مجرب استخراج شده و کیفیت آن مورد ارزیابی قرار می گیرد.

انجام آزمایش WES و دریافت نتایج خام: این مرکز نماینده انحصاری شرکت CeGaT آلمان در ایران می باشد و توالی­یابی اگزومی بسته به اهداف و خواسته های خاص، توسط این شرکت با بکارگیری سیستم توالی­یابی Illumina HiSeq و MiSeq platform انجام می­یابد.

آنالیز نتایج: این مرکز نماینده انحصاری شرکت Genomize ترکیه در ایران می باشد و برای آنالیز داده ها از پلت فرم SEQ ارائه شده توسط این شرکت بهره می برد.

پس از ورود داده های حاصل از NGS به پلت فرم SEQ توسط تیم متخصص شرکت Genomize، کارشناسان ژنتیک مرکز لیستی از ژن های شناخته شده کاندید مرتبط با علائم بیمار را تهیه کرده و واریانت های مشخص شده در ژن های کاندید را ارزیابی می کنند. همچنین، آنالیز پاتوژنیک بودن جهش توسط تیم مجرب برحسب استانداردهای American College of Medical Genetics and Genomics) ACMG)  و با رجوع به پایگاه داده Clinvar انجام می گیرد. برای اطمینان بیشتر، بیمار برای جهش­هاي گزارش شده با روش­های دیگر از جمله Sanger Sequencing مورد آنالیز قرار می­گیرد. در صورت نیاز در مراحل آتی خانواده فرد مورد نظر نیز براي جهش­هاي مذبور تست می­شوند تا علت جهش اعم از وراثت از والدین یا جهش جدید (de novo) بودن مشخص شود. علاوه بر جهش­های درگیر در بیماری کنونی، جهش­های بیماری­زای دیگر که فرد ناقل آن­ها است یا واریانت های بیماری زای غیر مرتبط، نیز بررسی می شوند.

ارائه گزارش به بیماران و همکاران پزشک: نتیجه نهایی آزمایشات کتبا تقدیم بیمار و پزشک محترم می شود.

مشاوره بیماران و خانواده ایشان جهت تفسیر نتایج: تفسیر نتایج جهت جلوگیری از بروز دوباره بیماری در سایر اعضاء خانواده در یک جلسه مشاوره دیگر به بیمار ارائه می شود. در صورتی که بیماری در افراد دیگر خانواده وجود داشته باشد (بروز فامیلی) تکرار این آزمایش در آنها ضرورتی ندارد، یعنی کافی است فقط یک عضو خانواده که علائم بالینی در ایشان بروز کرده مورد آزمایش قرار گیرد و در صورت یافتن ژن معیوب و جهش بیماری زا افراد دیگر خانواده صرفا برای آن جهش تست می گردند.

 

 

آدرس : تبریز - خیابان ارتش - خیابان باغشمال - ساختمان میلاد / طبقه اول (مرکز مشاوره) / طبقه چهارم (آزمایشگاه) / طبقه ششم (واحد تحقیقات و توسعه)   ساعات پذیرش : 8 الی 21

تلفن طبقه اول : 35539273 - 41 - 98+            تلفن طبقه چهارم : 35574760 - 41 - 98+            تلفکس :  35574761 - 41 - 98+              ایمیل : info@mcllab.com

کلیه حقوق این سایت متعلق به مرکز مشاوره و آزمایشگاه بالینی ، سلولی و مولکولی میلاد می باشد.

off canvas menu